1571'de Kıbrıs'ın Osmanlılar tarafından fethinin tamamlanması üzerine, Lala Mustafa Paşa mali işlere bakmak için Defter Eminliğini kurmuş ve bu kurumun başına Mehmed adında bir defterdar (Baş Muhasip) getirmişti.
Ondokuzcu yüzyılda başlayan yenileşme hareketleri çerçevesinde 29 Nisan 1865 yılında devlet harcamalarını denetlemek amacıyla Tanzimat döneminde Divan-ı Muhasebat kurulmuştur.
Kıbrıs'ın 1878 yılında İngiltere'ye kiralanmasının ardından ise 1879 yılında İngiliz sömürge idaresi Baş Murakıp atadı. O tarihlerde Baş Murakıp aynı zamanda Genel Muhasebecilik görevini de yürütmekteydi. Aynı zamanda Baş Murakıp o dönemlerde sömürge idaresinin Yürütme ve Yasama Konseylerinin de üyesiydi.
Sayıştay Başkanı'nın o tarihlerdeki resmi rütbesi Denetleme Müdürü idi ve o makama daima bir İngiliz memur atanırdı. Yerel Denetleme Dairesi İngiltere'nin Muhasebe ve Sayıştay Başkanlığı'na bağlanmış bulunuyordu.
1910 yılında İngiltere'de gerçekleştirilen örgütsel ve yönetsel değişikliklerin ardından Denizaşırı Murakıplık Dairesi adı altında yeni bir birim kuruldu ve Kıbrıs'taki Murakıplık Dairesi bu birime bağlandı.
Bu düzenleme adanın Kıbrıs Cumhuriyeti olarak bağımsızlığa kavuştuğu 1960 yılına kadar devam etti. Adanın bağımsız Cumhuriyet ilan edilmesinin ardından, 1960 yılında yeni kurulan Kıbrıs Cumhuriyeti Baş Murakıp adıyla Sayıştay Başkanlığı görevine Rüstem Z. Tatar atandı. Ancak Kıbrıs'ta meydana gelen 1963 yılı iç çatışmalar nedeniyle iki toplumlu kurumların ömrü uzun sürmedi. 1963 Aralık sonrası Türklere ait Murakıplık Dairesi kuruldu.
Türkiyenin 1974 yılında Kıbrıs'a yaptığı Barış Harekatı sonrası, 1975 Anayasası ile yeni ve çağdaş Yüksek Denetleme Kurumunun oluşumuna imkan veren düzenlemeler yapıldı ve
1 Ağustos 1978 tarihinde Sayıştay Yasası yürürlüğe girdi.
15 Kasım 1983 tarihinde Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti kuruldu ve Sayıştay Başkanlığı ile ilgili yasal düzenlemeler 1985 Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti Anayasında aynen yer aldı.
Bugünkü Sayıştay, 1 Ağustos 1978 tarihinde yasal kimliğini buldu. 18/1978 sayılı Sayıştay Yasasına göre Sayıştay bağımsız bir kuruluş olup, bir Başkan ve iki üyeden oluşmaktadır.
Sayıştay Başkanı olarak bu göreve Ağustos 1978 tarihinde Sayın Osman İsmail Uğurhan, Nisan 1985 tarihinde Sayın Nail Atalay, Haziran 1997 tarihinde Sayın Soner Vehbi, Temmuz 2007 tarihinde Sayın İsmet Akim ve Kasım 2010 tarihinde ise Sayın Osman Korahan atanmıştır. Sayın Korahan halen Sayıştay Başkanı olarak görevine devam etmektedir.